清潔培養皿是一個繁瑣的過程，但是這個過程可以讓實驗變得更有效率。如果培養皿沒有清洗乾淨，實驗者需要浪費更多時間處理實驗數據。而且如果培養皿徹底清潔，實驗者就可以更有效地進行實驗。
手動清潔培養皿：
一般要經過浸泡、擦洗、酸洗、清洗四個步驟。
1、浸泡：新的或用過的玻璃器皿應先用水浸泡，以軟化和溶解附著物。新玻璃器皿使用前應先用自來水簡單擦洗，然後在5%鹽酸中浸泡過夜；用過的玻璃器皿往往附著有大量的蛋白質和油脂，乾燥後不易洗掉，所以使用後應立即浸入清水中擦洗。
2、擦洗：將浸泡過的玻璃器皿放入洗滌劑水中，用軟刷反复擦洗。不留死角，防止損壞器皿表面光潔度。將清洗乾淨的玻璃器皿洗淨並晾乾以進行酸洗。
3、酸洗：酸洗是將上述器皿浸泡在清洗液也稱酸液中，通過酸液的強氧化作用，除去器物表面可能殘留的物質。酸洗時間不應少於六小時，通常過夜或更長時間。小心使用餐具。
4、沖洗：擦洗、酸洗後的器皿必須用水充分沖洗。酸洗後器皿是否沖洗乾淨直接影響細胞培養的成敗。醃製後的器皿要手洗，每件器皿必須反复“注水-清空”至少15次，最後用雙蒸水浸泡2-3次，晾乾或晾乾，包裝備用。

XPZ的清洗方法實驗室玻璃器皿清洗機清潔培養皿：
清洗數量：單批可清洗168個培養皿
清潔時間：40分鐘完成清潔
清洗流程： 1、將待清洗的培養皿（新的可以直接放入洗瓶機，有培養基的培養皿盡量倒出一塊較大的培養基）放入配套的籃子中洗瓶機的。一層可清洗56個培養皿，三層一次可清洗168個培養皿。
2、關閉洗瓶機門，選擇清洗程序，機器將自動開始清洗。清洗過程包括預清洗——鹼主洗——酸中和——純水漂洗。
3、清洗結束後，洗瓶機門自動打開，取出清洗後的培養皿，移至滅菌設備進行滅菌
生物實驗室培養皿的清潔是實驗室管理中非常重要的一部分。使用全自動洗瓶機代替人工清洗，可以避免交叉污染影響實驗數據，保護實驗人員的健康，提高實驗效率。